当法人や団体会員が実施するイベントや事業には、どなたでも自由に参加できます。
自主企画等で「根尾川むいむいの森」を利用するには、下記の「個人会員」「団体会員」のいずれかである必要があります。会員は、各種毎の利用規約に基づき、「根尾川むいむいの森」を利用できます。会員は、利用にあたり、別途定める注意事項に記載した義務を負います。
個人会員
| コース | 金額 | 会員資格 |
| 童子会員 | 0円/月 | ・むいむいの森に自分たちだけで遊びに来る子ども。 ・申込書の提出が必要です。 |
| 先達会員 | 0円/月 | ・修験道、登山、パーマカルチャー、プレーリーダー、DIYなど、自然と一体化した達人。 ・許諾される活動は公益目的事業に限る。それ以外の事業は、団体会員として実施すること。 ・当法人による審査があります。 |
団体会員
| コース | 金額（総面積の約1/2につき） | 会員資格 |
| アジール | 定期利用の場合 1週間に1日利用 10,000円/月 1週間に2日利用 15,000円/月 1週間に3日利用 20,000円/月 都度利用の場合 20,000円/日 ＊ 委託・補助・助成によらない自主事業として利用する場合、利用料の80%を免除する。 ＊ 休日の場合は50%増とする。 ＊オフシーズン（11-2月）は50%減とする。 | ・子どもや親のケアや居場所づくりに関する事業を行っている3名以上の非営利団体。 |
| アウトドア | 定期利用の場合 1週間に1日利用 10,000円/月 1週間に2日利用 15,000円/月 ＊休日の場合は50%増とする。 ＊オフシーズン（11-2月）は50%減とする。 | ・キャンプや川を活用したアクティビティなどの事業を行う１名以上の営利団体。 |